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Enregistrement W2980758438 · doi:10.1101/809293

Topological inference from spontaneous activity structures in FMRI videos with peristence barcodes

2019· preprint· en· W2980758438 sur OpenAlexafffund
Arjuna P. H. Don, James F. Peters, Sheela Ramanna, Arturo Tozzi

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensUniversity of WinnipegUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaIstituto Nazionale di Alta Matematica "Francesco Severi"
Mots-clésTopological data analysisFunctional magnetic resonance imagingComputer sciencePersistent homologyTopology (electrical circuits)Resting state fMRIInferenceArtificial intelligenceNetwork topologyBlood-oxygen-level dependentBarcodeBrain activity and meditationComputer visionPattern recognition (psychology)PsychologyAlgorithmElectroencephalographyNeuroscienceMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Spatio-temporal brain activities with variable delay detectable in resting-state functional magnetic resonance imaging (rs-fMRI) give rise to highly reproducible structures, termed cortical lag threads, that can propagate from one brain region to another. Using a computational topology of data approach, we found that Betti numbers that are cycle counts and the areas of vortex cycles covering brain activation regions in triangulated rs-fMRI video frames make it possible to track persistent, recurring blood oxygen level dependent (BOLD) signals. Our findings have been codified and visualized in what are known as persistent barcodes. Importantly, a topology of data offers a practical approach in coping with and sidestepping massive noise in neuro data, such as unwanted dark (low intensity) regions in the neighbourhood of non-zero BOLD signals. A natural outcome of a topology of data approach is the tracking of persistent, non-trivial BOLD signals that appear intermittently in a sequence of rs-fMRI video frames. The end result of this tracking of changing lag structures is a persistent barcode, which is a pictograph that offers a convenient visual means of exhibiting, comparing and classifying brain activation patterns.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,015
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,015
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0030,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,243
Écart entre enseignants0,215 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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