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Enregistrement W2981017557 · doi:10.1093/neuonc/noz175.323

EPID-23. PURSUIT OF AN INTERNATIONAL LANGUAGE OF GLIOMA RESEARCH: COMMON DATA ELEMENTS FOR THE LONGITUDINAL STUDY OF ADULT MALIGNANT GLIOMA

2019· article· en· W2981017557 sur OpenAlexaff
Laila Poisson, Mathilde C.M. Kouwenhoven, James M. Snyder, Kristin Alfaro-Munoz, Manpreet Kaur, Amanda Bates, Roel G.W. Verhaak, Colin Watts, Gelareh Zadeh, D. Ryan Ormond, Elizabeth B. Claus, Mustafa Khasraw

Notice bibliographique

RevueNeuro-Oncology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBioinformatics and Genomic Networks
Établissements canadiensUniversity Health Network
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGliomaComputer scienceElectronic data captureMedical physicsMedicineClinical trialTranslational researchData scienceData miningPathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract As an uncommon cancer, clinical and translational studies of glioma rely on multi-center collaborations, confirmatory studies, and meta-analyses. Unfortunately, interpretation of results across studies is hampered by the absence of uniformly coded clinical data. Common Data Elements (CDE) represent a set of clinical features for which the language has been standardized for consistent data capture across studies, institutions and registries. We constructed CDE for the longitudinal study of adult malignant glioma. To identify the minimum set of CDE needed to describe the clinical course of glioma, we surveyed clinical standards, ongoing trials, published studies, and data repositories for frequently used data elements. We harmonized the identified clinical variables, filled in gaps, and structured them in a modular schema, defining CDE for patient demographics, medical history, diagnosis, surgery, chemotherapy, radiotherapy, other treatments, and outcomes. Multidisciplinary experts from the Glioma Longitudinal AnalySiS (GLASS) consortium, representing clinical, molecular, and data research perspectives, were consulted regarding CDE. The validity and capture feasibility of the CDE were assessed through harmonization across published studies, then validated with single institution retrospective chart abstraction. The refined CDE library is implemented in the Research Electronic Data Capture (REDCap) System, a secure web application for building and managing online surveys and databases. The work was motivated by the GLASS consortium, which supports the aggregation and analysis of complex genetic datasets used to define molecular trajectories for glioma. The goal is that modular REDCap implementation of CDE allows broad adoption in glioma research. To accommodate novel aspects, the CDE sets can be expanded through additional modules. In contrast, for efficient initiation of focused studies, subsets of CDE can be selected. Broad adoption of CDE will improve the ability to compare results and share data between studies, thereby maximizing the value of existing data sources and small patient populations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,142
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,293
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,142
Score d'incertitude au seuil0,753

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,1420,293
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,004
Bibliométrie0,0070,010
Études des sciences et des technologies0,0020,002
Communication savante0,0050,004
Science ouverte0,0030,009
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0210,009

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,074
Tête enseignante GPT0,391
Écart entre enseignants0,316 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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