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Enregistrement W2981099573 · doi:10.2196/16078

Transparent, Reproducible, and Open Science Practices of Published Literature in Dermatology Journals: Cross-Sectional Analysis

2019· article· en· W2981099573 sur OpenAlexvenueno aff
Jon Anderson, Andrew Niemann, Austin Johnson, Courtney Cook, Daniel Tritz, Matt Vassar

Notice bibliographique

RevueJMIR Dermatology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineDecision Sciences
ThématiqueMeta-analysis and systematic reviews
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCenter for Health Sciences, Oklahoma State UniversityOklahoma State University
Mots-clésTransparency (behavior)Protocol (science)MedicineComputer scienceDermatologyAlternative medicineData scienceFamily medicinePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background Reproducible research is a foundational component for scientific advancements, yet little is known regarding the extent of reproducible research within the dermatology literature. Objective This study aimed to determine the quality and transparency of the literature in dermatology journals by evaluating for the presence of 8 indicators of reproducible and transparent research practices. Methods By implementing a cross-sectional study design, we conducted an advanced search of publications in dermatology journals from the National Library of Medicine catalog. Our search included articles published between January 1, 2014, and December 31, 2018. After generating a list of eligible dermatology publications, we then searched for full text PDF versions by using Open Access Button, Google Scholar, and PubMed. Publications were analyzed for 8 indicators of reproducibility and transparency—availability of materials, data, analysis scripts, protocol, preregistration, conflict of interest statement, funding statement, and open access—using a pilot-tested Google Form. Results After exclusion, 127 studies with empirical data were included in our analysis. Certain indicators were more poorly reported than others. We found that most publications (113, 88.9%) did not provide unmodified, raw data used to make computations, 124 (97.6%) failed to make the complete protocol available, and 126 (99.2%) did not include step-by-step analysis scripts. Conclusions Our sample of studies published in dermatology journals do not appear to include sufficient detail to be accurately and successfully reproduced in their entirety. Solutions to increase the quality, reproducibility, and transparency of dermatology research are warranted. More robust reporting of key methodological details, open data sharing, and stricter standards journals impose on authors regarding disclosure of study materials might help to better the climate of reproducible research in dermatology.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,066
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,034
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Communication savante, Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesMétarecherche
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,032
Score d'incertitude au seuil0,996

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0660,034
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0040,001
Bibliométrie0,0040,012
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0050,004
Science ouverte0,0050,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,563
Tête enseignante GPT0,582
Écart entre enseignants0,019 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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