Integrase strand transfer inhibitor (INSTI)-resistance mutations for the surveillance of transmitted HIV-1 drug resistance
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Integrase strand transfer inhibitors (INSTIs) are expected to be widely adopted globally, requiring surveillance of resistance emergence and transmission. OBJECTIVES: We therefore sought to develop a standardized list of INSTI-resistance mutations suitable for the surveillance of transmitted INSTI resistance. METHODS: To characterize the suitability of the INSTI-resistance mutations for transmitted HIV-1 drug resistance (TDR) surveillance, we classified them according to their presence on published expert lists, conservation in INSTI-naive persons, frequency in INSTI-treated persons and contribution to reduced in vitro susceptibility. Mutation prevalences were determined using integrase sequences from 17302 INSTI-naive and 2450 INSTI-treated persons; 53.3% of the INSTI-naive sequences and 20.0% of INSTI-treated sequences were from non-B subtypes. Approximately 10% of sequences were from persons who received dolutegravir alone or a first-generation INSTI followed by dolutegravir. RESULTS: Fifty-nine previously recognized (or established) INSTI-resistance mutations were present on one or more of four published expert lists. They were classified into three main non-overlapping groups: 29 relatively common non-polymorphic mutations, occurring in five or more individuals and significantly selected by INSTI treatment; 8 polymorphic mutations; and 22 rare mutations. Among the 29 relatively common INSTI-selected mutations, 24 emerged as candidates for inclusion on a list of INSTI surveillance drug-resistance mutations: T66A/I/K, E92G/Q, G118R, F121Y, E138A/K/T, G140A/C/S, Y143C/H/R/S, S147G, Q148H/R/K, N155H, S230R and R263K. CONCLUSIONS: A set of 24 non-polymorphic INSTI-selected mutations is likely to be useful for quantifying INSTI-associated TDR. This list may require updating as more sequences become available from INSTI-experienced persons infected with HIV-1 non-subtype B viruses and/or receiving dolutegravir.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».