MétaCan
Menu
← Retour à la cohorte
Enregistrement W2981354144 · doi:10.1101/819037

Cell-Surface Proteomic Profiling in the Fly Brain Uncovers New Wiring Regulators

2019· preprint· en· W2981354144 sur OpenAlexfundno aff
Jun Li, Shuo Han, Hongjie Li, Namrata D. Udeshi, Tanya Svinkina, D.R. Mani, Chuanyun Xu, Ricardo Guajardo, Qijing Xie, Tongchao Li, David J. Luginbuhl, Bing Wu, Colleen N. McLaughlin, Anthony Xie, Pornchai Kaewsapsak, Stephen R. Quake, Steven A. Carr, Alice Y. Ting, Liqun Luo

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueNeurobiology and Insect Physiology Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsGenentech
Mots-clésProteomeLRP1BiologyCell biologyMulticellular organismCellCell typeCell fate determinationProteomicsCell signalingComputational biologySignal transductionBioinformaticsGeneticsTranscription factorBiochemistryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

SUMMARY Molecular interactions at the cellular interface mediate organized assembly of single cells into tissues, and thus govern the development and physiology of multicellular organisms. Here, we developed a cell-type-specific, spatiotemporally-resolved approach to profile cell-surface proteomes in intact tissues. Quantitative profiling of cell-surface proteomes of Drosophila olfactory projection neurons (PNs) in pupae and adults revealed a global down-regulation of wiring molecules and an up-regulation of synaptic molecules in the transition from developing to mature PNs. A proteome-instructed in vivo screen identified 20 new cell-surface molecules regulating neural circuit assembly, many of which belong to evolutionarily conserved protein families not previously linked to neural development. Genetic analysis further revealed that the lipoprotein receptor LRP1 cell-autonomously controls PN dendrite targeting, contributing to the formation of a precise olfactory map. These findings highlight the power of temporally-resolved in situ cell-surface proteomic profiling in discovering new regulators of brain wiring.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)→Même sujetNeurobiology and Insect Physiology Research→Travaux en français237 207→