Transcriptomic analysis of Macrobrachium rosenbergii (giant fresh water prawn) post-larvae in response to M. rosenbergii nodavirus (MrNV) infection: de novo assembly and functional annotation
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Macrobrachium rosenbergii, is one of a major freshwater prawn species cultured in Southeast Asia. White tail disease (WTD), caused by Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV), is a serious problem in farm cultivation and is responsible for up to 100% mortality in the post larvae stage. Molecular data on how M. rosenbergii post-larvae launches an immune response to an infection with MrNV is not currently available. We therefore compared the whole transcriptomic sequence of M. rosenbergii post-larvae before and after MrNV infection. RESULTS: of 1308 bp. The assembled transcriptome was successfully annotated against the NCBI non-redundant arthropod database (33.75%), UniProt database (26.73%), Gene Ontology (GO) (18.98%), Evolutionary Genealogy of Genes: Non-supervised Orthologous Groups (EggNOG) (20.88%), and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome pathway (KEGG) (20.46%). GO annotations included immune system process, signaling, response to stimulus, and antioxidant activity. Differential abundance analysis using EdgeR showed 2413 significantly up-regulated genes and 3125 significantly down-regulated genes during the infection of MrNV. CONCLUSIONS: This study reported a highly complete transcriptome from the post-larvae stage of giant river prawn, M. rosenbergii. Differential abundant transcripts during MrNV infection were identified and validated by qPCR, many of these differentially abundant transcripts as key players in antiviral immunity. These include known members of the innate immune response with the largest expression change occurring in the M. rosenbergii post-larvae after MrNV infection such as antiviral protein, C-type lectin, prophenol oxidase, caspase, ADP ribosylation factors, and dicer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».