1778. Epstein–Barr Virus Genetic Diversity: Evaluation of BZLF1 Variants among Bone Marrow Transplant Patients and Individuals with Infectious Mononucleosis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Epstein–Barr virus (EBV) is associated with several diseases, including infectious mononucleosis (IM) and malignant disorders, including post-transplant lymphoproliferative disorder (PTLD). The relationship between strains of the virus and disease manifestations or illness severity is of interest. Such strains have been defined by genetic variations in the major viral genes. Data involving the patterns of genetic diversity of the virus in different populations are required. We examined the genetic diversity of the BZLF1 gene, which is a major lytic gene of the virus. Methods We sequenced the BZLF1 gene of EBV following amplification from DNA that was extracted from blood obtained from pediatric bone marrow transplant (BMT) patients and children and young adults with IM. Sequencing was done by Sanger methodology (dideoxy DNA sequencing) and the sequences were aligned with a reference strain of EBV using Geneious software. The variant burden and types of single nucleotide variants (SNV) were compared across the 3 exons of the BZLF1 gene. Results We sequenced the BZLF1 gene using 21 patients with IM (median age 14, age range 2–19 years) and 11 who underwent bone marrow transplantation (median age 6, range 3–13 years). Three of 11 BMT patients developed post-transplant lymphoproliferative disorder (PTLD). Among the 3 exons, exon 1 had the greatest diversity across both study groups. There was a tendency for less diversity among PTLD samples, with no sample containing >1 single nucleotide variant (SNV) in contrast to the other samples. In samples that contained SNVs, there was a non-statistically significant trend for more SNVs to occur among the IM samples compared with PTLD samples (median 4.5 and 0, respectively; P > 0.05). Additionally, 2/11 (18.2%) BMT sequences contained more than 1 SNV compared with 7/21 (33.3%) IM sequences (P > 0.05). Conclusion There was a tendency for more genetic diversity among samples from patients with IM compared with bone marrow transplant patients, notably those with PTLD. Further studies will determine if this tendency is due to selective pressures in the transplant setting, including but not limited to the use of antiviral agents directed at the lytic phase of EBV. Disclosures All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».