A new approach to molecular biosurveillance of invasive species using DNA metabarcoding
Notice bibliographique
Résumé
Non-indigenous species (NIS) reach every corner of the world, at times wreaking havoc on ecosystems and costing the global economy billions of dollars. A rapid and accurate biosurveillance tool tailored to a particular biogeographic region is needed to detect NIS when they are first introduced into an area as traditional detection methods are expensive and require specialized expertise. Metabarcoding of environmental and community DNA meets those biosurveillance requirements; a novel tool tailored to the Northwest Pacific Ocean is presented here using an approach that could revolutionize early detection of NIS. Eight newly designed genetic markers for multiple gene regions were implemented to meet the stringent taxonomic requirements for the detection of NIS across four major marine phyla. The tool was considered highly successful because it identified 12 known NIS in the study area and a further seven species representing potential new records. Overall community composition detected here was statistically different between substrate types; zooplankton sampling accounted for significantly higher species richness than filtered sea water in most cases, but this was dominated by mollusk and arthropod species. Both substrate types sampled were required to identify the wide taxonomic breadth of known NIS in the study area. Intensive sampling is known to be paramount for the detection of rare species, including new incursions of NIS, thus it is recommended to include diverse DNA sampling protocols based on species' life-history characteristics for broad detection capacity. Application of a metabarcoding-based molecular biosurveillance tool optimized for biogeographic regions enables rapid and accurate early detection across a wide taxonomic range to allow quick implementation of eradication or control efforts and potentially mitigate some of the devastating effects of NIS worldwide.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».