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Enregistrement W2981926112 · doi:10.3747/co.26.5235

OCTANE (Ontario-Wide Cancer Targeted Nucleic Acid Evaluation): A Platform for Intraprovincial, National, and International Clinical Data-Sharing

2019· article· en· W2981926112 sur OpenAlexafffundvenueabout
Eoghan Ruadh Malone, Ramy Saleh, Celeste Yu, Lailah Ahmed, Trevor J. Pugh, Jonathon Torchia, John M.S. Bartlett, Carl Virtanen, Sebastién J. Hotte, John Hilton, Stephen Welch, A Robinson, M. Elizabeth McCready, Bernard Lo, Bekim Sadiković, Harriet Feilotter, Timothy P. Hanna, Suzanne Kamel‐Reid, Tracy Stockley, Lillian L. Siu, Philippe L. Bédard

Notice bibliographique

RevueCurrent Oncology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensQueen's UniversityLondon Health Sciences CentrePrincess Margaret Cancer CentreOttawa HospitalWestern UniversityHamilton Regional Laboratory Medicine ProgramJuravinski Cancer Centre
Organismes subventionnairesServierLoxo OncologyAstellas PharmaMirati TherapeuticsMersana TherapeuticsGenentechGovernment of OntarioAgios PharmaceuticalsOntario Institute for Cancer ResearchPTC TherapeuticsPrincess Margaret Cancer FoundationSanofiGlaxoSmithKlineAmgenPfizerMorphoSysCelgeneSymphogenAstraZenecaEli Lilly and CompanyBristol-Myers Squibb
Mots-clésMedicineClinical trialCancerData sharingNiceDiseaseGenomicsGenetic testingData scienceAlternative medicineInternal medicineComputer sciencePathologyGenomeBiologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cancer is a genetic disease resulting from germline or somatic genetic aberrations. Rapid progress in the field of genomics in recent years is allowing for increased characterization and understanding of the various forms of the disease. The Ontario-wide Cancer Targeted Nucleic Acid Evaluation (octane) clinical trial, open at cancer centres across Ontario, aims to increase access to genomic sequencing of tumours and to facilitate the collection of clinical data related to enrolled patients and their clinical outcomes. The study is designed to assess the clinical utility of next-generation sequencing (ngs) in cancer patient care, including enhancement of treatment options available to patients. A core aim of the study is to encourage collaboration between cancer hospitals within Ontario while also increasing international collaboration in terms of sharing the newly generated data. The single-payer provincial health care system in Ontario provides a unique opportunity to develop a province-wide registry of ngs testing and a repository of genomically characterized, clinically annotated samples. It also provides an important opportunity to use province-wide real-world data to evaluate outcomes and the cost of ngs for patients with advanced cancer. The octane study is attempting to translate knowledge to help deliver precision oncology in a Canadian environment. In this article, we discuss the background to the study and its implementation, current status, and future directions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,730
Score d'incertitude au seuil0,576

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,219
Tête enseignante GPT0,466
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2019
Routes d'admission4
Résumé présentoui

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