Climatic niche predicts the landscape structure of locally adaptive standing genetic variation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Within a species’ range, intraspecific diversity in the form of adaptive standing genetic variation (SGV) may be non-randomly clustered into different geographic regions, reflecting the combined effects of historical range movements and spatially-varying natural selection. As a consequence of a patchy distribution of adaptive SGV, populations in different parts of the range are likely to vary in their capacity to respond to changing selection pressures, especially long-lived sessile organisms like forest trees. However, the spatial distribution of adaptive SGV across the landscape is rarely considered when predicting species responses to environmental change. Here, we use a landscape genomics approach to estimate the distribution of adaptive SGV along spatial gradients reflecting the expansion history and contemporary climatic niche of balsam poplar, Populus balsamifera (Salicaceae), a widely distributed forest tree with a transcontinental distribution in North America. By scanning the genome for signatures of spatially varying local adaptation, we estimated how adaptive SGV has been shaped by geographic distance from the rear range edge (expansion history) versus proximity to the current center of the climatic niche (environmental selection). We found that adaptive SGV was strongly structured by the current climatic niche, with surprisingly little importance attributable to historical effects such as migration out of southern refugia. As expected, the effect of the climatic niche on SGV was strong for genes whose expression is responsive to abiotic stress (drought), although genes upregulated under biotic (wounding) stress also contained SGV that followed climatic and latitudinal gradients. The latter result could reflect parallel selection pressures, or co-regulation of functional pathways involved in both abiotic and biotic stress responses. Our study in balsam poplar suggests that clustering of locally adaptive SGV within ranges primarily reflects spatial proximity within the contemporary climatic niche – an important consideration for the design of effective strategies for biodiversity conservation and avoidance of maladaptation under climate change.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».