Prevalence of Shigella boydii in Bangladesh: Isolation and Characterization of a Rare Phage MK-13 That Can Robustly Identify Shigellosis Caused by Shigella boydii Type 1
Notice bibliographique
Résumé
Shigellosis, caused by Shigella boydii type 1 is understudied and under-reported. For three years, GEMS study identified 5.4% of all Shigella as S. boydii. We showed the prevalent serotypes of S. boydii in Bangladesh and phage based diagnosis of S. boydii type1, a rapid and low-cost approach. Previously typed 793 clinical S. boydii strains were used for serotype distribution. Twenty eight environmental water samples were collected for isolation of Shigella phages. Forty eight serotypes of Shigella and other enteric bacteria were used for testing the susceptibility to phage MK-13. Electron microscopy, restriction enzyme analysis, whole genome sequencing (WGS) and annotation were performed for extensive characterization. S. boydii type1 is the second most prevalent serotype among 20 serotypes of S. boydii in Bangladesh. We isolated a novel phage, MK-13 which specifically lyses S. boydii type 1, but doesn’t lyse other 47 serotypes of Shigella or other enteric bacteria tested. The phage belongs to Myoviridae family and distinct from other phages indicated by electron microscopy and restriction enzyme analysis respectively. MK-13 genome consists of 158 kbp of circularly permuted double-stranded DNA with G+C content of 49.45%, and encodes 211 open reading frames including 4 tRNA-coding regions. The genome has 98% identity with previously reported phage, ΦSboM-AG3 which infects most of the S. boydii and other species of Shigella tested. To our knowledge, MK-13 is the first phage reported to be used as diagnostic marker to detect S. boydii type1, especially in remote settings with limited laboratory infrastructure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».