2125. Staphylococcus Species Identification by Fourier Transform Infrared (FTIR) Spectroscopic Techniques: A Cross-Lab Study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Staphylococcus aureus is well known to be associated with atopic dermatitis. Recent studies also report S. aureus presence in lesional skin of squamous cell carcinoma (SCC) and its precursor lesion, actinic keratosis (AK). Therefore, it is of potential clinical interest to monitor skin S. aureus colonization on AK lesions. Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy is a cost-effective, nondestructive, and reagent-free technique for rapid microbial identification. It is based on the use of spectral databases developed with well-characterized strains in conjunction with the application of multivariate statistical analysis to elaborate classification models. In the present cross-lab study, spectral databases containing FTIR spectra of over 1000 staphylococcal isolates obtained from reference and clinical microbiology laboratories across Canada were employed in the FTIR spectroscopic identification of Staphylococcus spp. isolated from AK, SCC and perilesional skin of patients at the Princess Alexandra Hospital Dermatology Clinic in Brisbane, Australia. Methods FTIR spectra of 51 staphylococcal isolates from AK, SCC and perilesional skin were acquired by both attenuated total reflectance (ATR)-FTIR and transflection-FTIR spectroscopy. All isolates had been previously characterized by 16S rRNA sequencing. ATR- and transflection-FTIR spectra were recorded in triplicate from isolated colonies taken from the same agar plate. Identification of the bacteria was based on the similarities of their spectra with those in ATR- and transflection-FTIR spectral databases originating from the Canadian lab. Results Among the 51 staphylococcal isolates included in this study, identification of S. aureus (n = 24) with 100% specificity and 100% sensitivity was achieved by both ATR- and transflection-FTIR spectroscopy. Overall, FTIR-based species identification was in 90.2% concordance with 16S rRNA sequencing. Conclusion This cross-lab study demonstrates the applicability of Canadian isolate-based ATR- and transflection-FTIR spectral databases for the identification of clinical staphylococcal isolates obtained in Australia. The results support the potential utility of FTIR spectroscopic techniques to monitor skin S. aureus colonization on AK lesions. Disclosures All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».