Whole genome sequencing to study the phylogenetic structure of serotype a <i>Haemophilus influenzae</i> recovered from patients in Canada
Notice bibliographique
Résumé
This study examined the phylogenetic structure of serotype a Haemophilus influenzae (Hia) isolates recovered from patients in Canada. Hia isolates from 490 separate patients and an American Type Culture Collection (ATCC) strain were analyzed by multilocus sequence typing (MLST), with 18 different sequence types (STs) identified. Most (85.7%) Hia patient isolates were typed as ST-23 and another 12.7% belonged to 14 different STs with 6, 5, or 4 MLST gene loci related to ST-23 (ST-23 complex). Core genome single-nucleotide variation phylogeny (SNVPhyl) on whole genome sequence (WGS) data of 121 Hia patient isolates representing all identified STs and the ATCC strain revealed 2 phylogenetic populations, with all the ST-23 complex isolates within 1 population. The other phylogenetic population contained only the ATCC strain and 3 patient isolates. Concatenated hitABC sequences retrieved from WGS data and analyzed by MEGA (Molecular Evolutionary Genetic Analysis) alignment confirmed the phylogeny obtained by SNVPhyl. The sodC gene was found only in isolates in the minor phylogenetic population. The 2 phylogenetic populations of the Canadian Hia isolates are similar to the 2 clonal divisions described for serotype b H. influenzae. Combining MLST, core SNVPhyl, and hitABC gene sequence alignment showed that most (99.4%) Canadian Hia patient isolates belonged to 1 major phylogenetic population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».