Root Endophytes of Coffee (<i>Coffea</i> <i>arabica</i>): Variation Across Climatic Gradients and Relationships with Functional Traits
Notice bibliographique
Résumé
The root microbiome of Central American coffee trees was studied from four different sites experiencing different annual temperatures and precipitation levels, sampling from plots grown conventionally and under agroforestry management (with shade trees). Total community DNA was separately extracted from roots from four trees sampled from each site/management pair and analyzed using terminal restriction fragment polymorphism analysis and also next generation sequencing (Illumina) of fungal and bacterial ribosomal amplicons. Community profiles were analyzed for site and management effects and correlations to environmental parameters and tree leaf and root economic traits. Communities of both bacteria and fungi varied with site locations, but were not impacted by management system type. They also both varied strongly with environmental parameters. Fungal communities also showed significant variation that could be attributed to plant leaf and root traits. Pooled DNA samples from each site/management regime were used to generate amplicons for next generation sequencing to determine the dominant members of the coffee root microbiome at these locations. Core bacterial genera included Pantoea, Enterobacter, and Burkholderia, while fungal core communities were dominated by members of Cladosporium, Penicillium, Exidiopsis, Trechispora, and Mycena. The potential ecological function of these microbial associates is discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».