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Enregistrement W2982631241 · doi:10.1038/s41467-019-12763-9

Unstable TTTTA/TTTCA expansions in MARCH6 are associated with Familial Adult Myoclonic Epilepsy type 3

2019· article· en· W2982631241 sur OpenAlexaff
Rahel T. Florian, Florian Kraft, Elsa Leitão, Sabine Kaya, Stephan Klebe, Éloi Magnin, Anne‐Fleur van Rootselaar, Julien Buratti, Theresa Kühnel, Christopher Schröder, Sebastian Gießelmann, Nikolai Tschernoster, Janine Altmueller, Anaide Lamiral, Boris Keren, Caroline Nava, Delphine Bouteiller, Sylvie Forlani, Ludmila Jornéa, Regina Kubica, Tao Ye, Damien Plassard, Bernard Jost, Vincent Meyer, Jean‐François Deleuze, Yannick Delpu, Mario Davide Maria Avarello, Lisanne S. Vijfhuizen, Gabrielle Rudolf, Édouard Hirsch, Thessa Kroes, Philipp S. Reif, Felix Rosenow, Christos Ganos, Marie Vidailhet, Lionel Thivard, Alexandre Mathieu, Thomas Bourgeron, Ingo Kurth, Haloom Rafehi, Laura Steenpaß, Bernhard Horsthemke, Samuel F. Berkovic, Francesca Bisulli, Francesco Brancati, Laura Canafoglia, Giorgio Casari, Renzo Guerrini, Hiroyuki Ishiura, Laura Licchetta, Davide Mei, Tommaso Pippucci, Lynette G. Sadleir, Ingrid E. Scheffer, Pasquale Striano, Paolo Tinuper, Shoji Tsuji, Federico Zara, Éric Leguern, Karl Martin Klein, Pierre Labauge, Mark F. Bennett, Melanie Bahlo, Jozef Gécz, Mark Corbett, Marina A.J. Tijssen, Arn M. J. M. van den Maagdenberg, Christel Depienne

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGlycogen Storage Diseases and Myoclonus
Établissements canadiensAlberta Children's HospitalUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilAgence Nationale de la RechercheAssistance publique-Hôpitaux de ParisNational Health and Medical Research CouncilFondation Maladies RaresState Government of VictoriaInstitut National de la Santé et de la Recherche Médicale
Mots-clésTrinucleotide repeat expansionBiologyGeneticsGenomeSomatic cellEpilepsyGenome instabilityGeneDNAAlleleNeuroscienceDNA damage

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Familial Adult Myoclonic Epilepsy (FAME) is a genetically heterogeneous disorder characterized by cortical tremor and seizures. Intronic TTTTA/TTTCA repeat expansions in SAMD12 (FAME1) are the main cause of FAME in Asia. Using genome sequencing and repeat-primed PCR, we identify another site of this repeat expansion, in MARCH6 (FAME3) in four European families. Analysis of single DNA molecules with nanopore sequencing and molecular combing show that expansions range from 3.3 to 14 kb on average. However, we observe considerable variability in expansion length and structure, supporting the existence of multiple expansion configurations in blood cells and fibroblasts of the same individual. Moreover, the largest expansions are associated with micro-rearrangements occurring near the expansion in 20% of cells. This study provides further evidence that FAME is caused by intronic TTTTA/TTTCA expansions in distinct genes and reveals that expansions exhibit an unexpectedly high somatic instability that can ultimately result in genomic rearrangements.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,041
Score d'incertitude au seuil0,680

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,282
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations170
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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