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Enregistrement W2982635561 · doi:10.7554/elife.47110

A chemical probe of CARM1 alters epigenetic plasticity against breast cancer cell invasion

2019· article· en· W2982635561 sur OpenAlexafffund
Xiao-Chuan Cai, Tuo Zhang, Eui‐Jun Kim, Ming Jiang, Ke Wang, Junyi Wang, Shi Chen, Nawei Zhang, Hong Wu, Fengling Li, Carlo C. dela Seña, Hong Zeng, Victor Vivcharuk, Xiang Niu, Weihong Zheng, Jonghan P Lee, Yuling Chen, Dalia Barsyte, Magda Szewczyk, Taraneh Hajian, Glorymar Ibáñez, Aiping Dong, L. Dombrovski, Zhenyu Zhang, Haiteng Deng, Jinrong Min, C.H. Arrowsmith, Linas Mažutis, Lei Shi, Masoud Vedadi, Peter J. Brown, Jenny Xiang, Li‐Xuan Qin, Wei Xu, Minkui Luo

Notice bibliographique

RevueeLife · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related gene regulation
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreStructural Genomics ConsortiumUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesStructural Genomics ConsortiumNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthNational Institute of General Medical SciencesBeijing Municipal Administration of Hospitals Clinical Medicine Development of Special Funding SupportWellcome TrustSusan G. KomenMemorial Sloan-Kettering Cancer CenterStarr Cancer Consortium
Mots-clésBiologyEpigeneticsCancer cellCell biologyCellTranscription factorCancerBiochemistryGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

CARM1 is a cancer-relevant protein arginine methyltransferase that regulates many aspects of transcription. Its pharmacological inhibition is a promising anti-cancer strategy. Here SKI-73 ( 6a in this work) is presented as a CARM1 chemical probe with pro-drug properties. SKI-73 ( 6a ) can rapidly penetrate cell membranes and then be processed into active inhibitors, which are retained intracellularly with 10-fold enrichment for several days. These compounds were characterized for their potency, selectivity, modes of action , and on-target engagement. SKI-73 ( 6a ) recapitulates the effect of CARM1 knockout against breast cancer cell invasion. Single-cell RNA-seq analysis revealed that the SKI-73 ( 6a )-associated reduction of invasiveness acts by altering epigenetic plasticity and suppressing the invasion-prone subpopulation. Interestingly, SKI-73 ( 6a ) and CARM1 knockout alter the epigenetic plasticity with remarkable difference, suggesting distinct modes of action for small-molecule and genetic perturbations. We therefore discovered a CARM1-addiction mechanism of cancer metastasis and developed a chemical probe to target this process.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,514

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,213 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations60
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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