GENE-31. IDENTIFICATION OF CORE AND CONTEXT-SPECIFIC FITNESS GENES IN GLIOBLASTOMA STEM CELLS VIA GENOME-WIDE CRISPR-Cas9 SCREENS
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Advances in the characterization of the genetic, epigenetic and transcriptomic landscapes of glioblastoma (GBM) tumor samples and primary cell lines have yielded considerable insight into tumor initiation and progression. A major finding from these studies is the high degree of inter- and intra-tumoral variability displayed in GBM, which has increased interest in the identification of clinically relevant disease subtypes for precision targeting. While multiple groups have identified subtypes of GBM tumors and GBM stem cell lines, efforts to identify specific actionable targets have yet to bear fruit. To address this gap, we performed genome-wide TKO CRISPR-Cas9 fitness screens to functionally interrogate the genomes of a panel of 16 genetically/epigenetically characterized GBM stem cell lines. Our screens identify over 1,500 fitness genes per GBM stem cell line which collectively provide a functional landscape of genetic vulnerabilities in GBM. The size and heterogeneity of our screen panel provided us with the capability to identify both core (i.e. SOX9, Protein Ufmylation, JUN) and context specific fitness genes. Specifically, we have identified genes preferentially required for the proliferation of GBM stem cells based on transcriptionally defined subtypes (i.e. SOX2, OLIG2 in Proneural GSCs), genetic alterations (i.e. CDK6 in CDKN2A/B deleted GBM) and disease stage (i.e. ATP6AP2 in recurrent GBM). Experimental validation of key subtype-specific fitness genes is currently underway using genetic knockout and drug/inhibitor treatment. Our data provides biological insight and novel mechanistic understanding of heterogeneity in GBM and points to opportunities for precision targeting of defined GBM subtypes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».