Author response: Epigenetic profiling of growth plate chondrocytes sheds insight into regulatory genetic variation influencing height
Notice bibliographique
Résumé
Humans vary considerably in height, a trait that is partly inherited from each individual's parents. Studies have identified hundreds of small changes in DNA that contribute to differences in human height. These small changes often swap out just one of the four letters that make up the DNA code. Some changes occur within genes, yet most occur in stretches of DNA that do not contain genes. These stretches of DNA likely control whether genes important for the growth of the skeleton are switched on or off. Cartilage cells, also known as chondrocytes, are important for height. These cells are found near the end of bones in the growth plates, where the bones grow during childhood and adolescence. The on and off switches for growth genes in chondrocytes are unknown. Identifying these genetic switches could help scientists understand how hundreds of small changes in DNA help determine how tall a person will be. Now, Guo, Liu, Willen et al. identify thousands of switches that turn on and off genes in chondrocytes. In their experiments, chondrocytes were removed from mouse bones and a type of genetic sequencing called ATAC-seq was used to identify the stretches of DNA that act as on/off switches for genes in these cells. Further analysis revealed that many of these same on/off switches occur in human chondrocytes too. Importantly, the experiments showed that many of the small changes in DNA that contribute to differences in human height are also found within these DNA switches. Guo, Liu, Willen et al. next tested how these switches and height-linked genes interact, and found, for example, that one switch acts to shut off the gene for a protein called chondroitin sulfate synthase 1. People with mutations in this gene can have unusually short stature. However, people with DNA changes in its nearby switch can be taller or shorter than average based on how the DNA influences the switch. More studies might help scientists understand the evolutionary significance of these DNA changes. They will also help determine if the genetic switches in chondrocytes contribute to diseases that affect the bones and joints, like bone cancer or arthritis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,292 | 0,103 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».