Notice bibliographique
Résumé
Plants and fungi interact in complex ways that can benefit or harm a plant. To better understand how plants defend against pathogens and enhance interactions with beneficial fungi, I used several different approaches to identify genes and pathways involved in these processes. First, I developed a bioinformatics pipeline to search for antimicrobial peptides (AMPs) in public DNA sequence databases. I found 16,870 novel candidate AMPs from 1,003 species, and demonstrated that transcripts of heveins and cyclolinopeptides (CLPs), especially, increased abundance in response to a pathogenic fungus (Fusarium oxysporum f. sp. lini) but not a mutualistic fungus (Rhizoglomus irregulare). Second, I developed an in vitro system to evaluate the effects of the interaction of two mutualistic fungi (Rhizoglomus irregulare and Clonostachys rosea) on flax roots infected by F. oxysporum. I found that both R. irregulare and C. rosea have bio-protective effects against F. oxysporum. R. irregulare also increased flax biomass production, while mitigating the negative effects caused by F. oxysporum on shoot length and biomass. Third, I used RNA-Seq to compare the pre-colonization responses of flax roots to inoculation with R. irregulare or F. oxysporum, separately and in combination. I found distinct classes of genes that responded uniquely to the pathogen and the mutualist. Finally, I tested the activity of flax CLPs, polyamines (PAs), and carbendazim against three pathogenic fungi: F. oxysporum, S. linicola, and Alternaria sp. I found that CLPs and PAs have antifungal activity in vitro against the fungi studied at a concentration range that might be biologically relevant. We suggest that CLPs and PAs should be tested for the mitigation of Alternaria sp. in vivo, since these compounds had better effects on the growth inhibition of this fungus in comparison to a commercial antifungal agent. Together, these data will improve the understanding of mechanisms underlying pathogenicity and mutualism, and will lead to the development of better strategies to control fungal diseases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».