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Enregistrement W2983262316 · doi:10.1101/19007344

Genetics of Unexplained Sudden Cardiac Death in Adult Caucasian and African American Individuals Living in the State of Maryland

2019· preprint· en· W2983262316 sur OpenAlexaff
Liang Guo, Sho Torii, Raquel Fernandez, Ryan Braumann, Ka Hyun Paek, Daniela T. Fuller, Christina M. Mayhew, Roya Zarpak, Hiroyuki Jinnouchi, Atsushi Sakamoto, Yu Sato, Hiroyoshi Mori, Matthew Kutyna, Parker J. Lee, Leah Weinstein, Carlos J. Collado-Rivera, Neel Gadhoke, Bakr B. Ali, Dheeraj R. Atmakuri, Roma Dhingra, Emma L. B. Finn, Mack W. Bell, Anne Cornelissen, Salomé Kuntz, Joohyung Park, Robert Kutys, Libin Wang, Susie N. Hong, Anuj Gupta, Frank D. Kolodgie, Maria Romero, Braxton D. Mitchell, Dipti Surve, David R. Fowler, Charles C. Hong, Renu Virmani, Aloke V. Finn

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCardiomyopathy and Myosin Studies
Établissements canadiensOffice of the Chief Medical Examiner
Organismes subventionnairesCVPath Institute
Mots-clésMedicineSudden cardiac deathHypertrophic cardiomyopathyBrugada syndromeCardiomyopathyInternal medicineSudden deathAutopsyGenetic testingCardiologyCause of deathArrhythmogenic right ventricular dysplasiaPathologicalHeart failureDisease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Background Unexplained-sudden cardiac death (SCD) describes SCD with no cause identified after a comprehensive autopsy and toxicologic examination. Genetic testing helps to diagnose inherited cardiac diseases in unexplained-SCD, however, the relationship between pathogenic or likely pathogenic (P/LP) variants of inherited cardiomyopathies and primary electrical disorders (PED) and risk of unexplained-SCD in adults living the United States has never been systematically examined. Methods We performed sequencing of 29 cardiomyopathy and 39 arrhythmia genes in 413 African-Americans and Caucasians (≥18 years-old) who died of unexplained-SCD (median age; 41 years-old, 37% females, 50% African-Americans) and whose hearts were found to have no gross pathological finding upon referral to our institution for pathologic consultation from the State of Maryland Medical Examiner. We examined P/LP variants in these genes to study the association between presence of these variants and unexplained-SCD. Results 143/413 (34.6%) subjects had variants considered P/LP for cardiomyopathy and/or PED (i.e. Brugada Syndrome (BrS), long QT syndrome (LQTS), and arrhythmogenic right ventricular dysplasia (ARVD)). In total, 102 (24.7%) subjects harbored 86 P/LP variants for cardiomyopathies and 60 (14.5%) subjects carried 76 P/LP variants for PED. The following pathogenic variants were identified: 68 P/LP variants for hypertrophic cardiomyopathy (HCM) in 79/413 (19.1%) subjects, 18 P/LP variants for dilated cardiomyopathy (DCM) in 22/413 subjects (5.3%), and 76 P/LP variants in 60/413 (14.5%) for PED. There were greater than 121.0- and 138.5-fold median enrichments (431.4- and 200.0-fold cumulative enrichments) in these cardiomyopathy and arrhythmia variants in victims of unexplained SCD versus the general population, respectively. Among these P/LP positive carriers, combinations of conditions were found, including 14/413 (2.4%) having both HCM and PED variants, and 5/413 (1.2%) with DCM and PED variants. African Americans (AA) and Caucasians were equally likely to harbor P/LP variants (32.7% versus 36.6%, p=0.5), but AA had a higher frequent variants of unknown significance. Conclusions This study represents the largest examination reported on the association between cardiomyopathy and arrhythmia P/LP genetic variants and unexplained-SCD in adults with no gross abnormality on rigorous pathological examination. Nearly one-third of those with unexplained-SCD were carriers of P/LP variants. Our findings with respect to both the association of unexplained SCD with cardiomyopathy genes and race-specific genetic variants suggest new avenues of study for this poorly understood entity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil0,022

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,270
Écart entre enseignants0,254 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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