High content phenotypic screening identifies serotonin receptor modulators with selective activity upon breast cancer cell cycle and cytokine signaling pathways
Notice bibliographique
Résumé
Heterogeneity in disease mechanisms between genetically distinct patients contributes to high attrition rates in late stage clinical drug development. New personalized medicine strategies aim to identify predictive biomarkers which stratify patients most likely to respond to a particular therapy. However, for complex multifactorial diseases not characterized by a single genetic driver, empirical approaches to identifying predictive biomarkers and the most promising therapies for personalized medicine are required. In vitro pharmacogenomics seeks to correlate in vitro drug sensitivity testing across panels of genetically distinct cell models with genomic, gene expression or proteomic data to identify predictive biomarkers of drug response. However, the vast majority of in vitro pharmacogenomic studies performed to date are limited to dose-response screening upon a single viability assay endpoint. In this article we describe the application of multiparametric high content phenotypic screening and the theta comparative cell scoring method to quantify and rank compound hits, screened at a single concentration, which induce a broad variety of divergent phenotypic responses between distinct breast cancer cell lines. High content screening followed by transcriptomic pathway analysis identified serotonin receptor modulators which display selective activity upon breast cancer cell cycle and cytokine signaling pathways correlating with inhibition of cell growth and survival. These methods describe a new evidence-led approach to rapidly identify compounds which display distinct response between different cell types. The results presented also warrant further investigation of the selective activity of serotonin receptor modulators upon breast cancer cell growth and survival as a potential drug repurposing opportunity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».