Automated Data Cleanup for Mass Cytometry
Notice bibliographique
Résumé
Mass cytometry is an emerging technology capable of 40 or more correlated measurements on a single cell. The complexity and volume of data generated by this platform have accelerated the creation of novel methods for high-dimensional data analysis and visualization. A key step in any high-level data analysis is the removal of unwanted events, a process often referred to as data cleanup. Data cleanup as applied to mass cytometry typically focuses on elimination of dead cells, debris, normalization beads, true aggregates, and coincident ion clouds from raw data. We describe a probability state modeling (PSM) method that automatically identifies and removes these elements, resulting in FCS files that contain mostly live and intact events. This approach not only leverages QC measurements such as DNA, live/dead, and event length but also four additional pulse-processing parameters that are available on Fluidigm Helios™ and CyTOF® (Fluidigm, Markham, Canada) 2 instruments with software versions of 6.3 or higher. These extra Gaussian-derived parameters are valuable for detecting well-formed pulses and eliminating coincident positive ion clouds. The automated nature of this new routine avoids the subjectivity of other gating methods and results in unbiased elimination of unwanted events. © 2019 International Society for Advancement of Cytometry.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,059 | 0,040 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».