Genomic architecture of artificially and sexually selected traits in a wild cervid
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Characterization of the genomic architecture of fitness-related traits such as body size and male ornamentation in mammals provides tools for conservation and management: as both indicators of quality and health, these traits are often subject to sexual and artificial selective pressures. Here we performed high-depth whole genome re-sequencing on pools of individuals representing the phenotypic extremes in our study system for antler and body size in white-tailed deer ( Odocoileus virginianus ). Samples were selected from a tissue repository containing phenotypic data for 4,466 male white-tailed deer from Anticosti Island, Quebec, with four pools representing the extreme phenotypes for antler and body size in the population, after controlling for age. Our results revealed a largely panmictic population, but detected highly diverged windows between pools for both traits with high shifts in allele frequency (mean allele frequency difference of 14% for and 13% for antler and body SNPs in outlier windows). These regions often contained putative genes of small-to-moderate effect consistent with a polygenic model of quantitative traits. Genes in outlier antler windows had known direct or indirect effects on growth and pathogen defence, while body genes, overall GO terms, and transposable element analyses were more varied and nuanced. Through qPCR analysis we validated both a body and antler gene. Overall, this study revealed the polygenic nature of both antler morphology and body size in free-ranging white-tailed deer and identified target loci for additional analyses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».