Author response: Long-term balancing selection drives evolution of immunity genes in Capsella
Notice bibliographique
Résumé
Capsella rubella is a small plant that is found in southern and western Europe. This plant is young in evolutionary terms: it is thought to have emerged less than 200,000 years ago from a small group of plants belonging to an older species known as Capsella grandiflora. Individuals of the same species may carry alternative versions of the same genes – known as alleles – and the total number of alleles present in a population is referred to as genetic diversity. When a few individuals form a new species, the gene pool and the genetic diversity in the new species is initially much lower than in the ancestral species, which may make the new species less robust to fluctuations in the environment. For example, alternative versions of a gene might be preferable in hot or cold climates, and loss of one of these versions would limit the species’ ability to survive in both climates. A mechanism known as balancing selection can maintain various alleles in a species, even if the population is very small. However, it was not clear how common long-lasting balancing selection was after a species had split. To address this question, Koenig et al. assembled collections of wild C. rubella and C. grandiflora plants and sequenced their genomes in search of alleles that were shared between individuals of the two species. The analysis found not just a few, but thousands of examples where the same genetic differences had been maintained in both C. rubella and C. grandiflora. Some of these allele pairs were also shared with individuals of a third species of Capsella that had split from C. rubella and C. grandiflora over a million years ago. The shared alleles did not occur randomly in the genome; genes involved in immune responses were far more likely to be targets of balancing selection than other types of genes. These findings indicate that there is strong balancing selection to maintain different alleles of immunity genes in wild populations of plants, and that some of this diversity can be maintained over hundreds of thousands, if not millions of years. The strategy developed by Koenig et al. may help to identify new versions of immunity genes from wild relatives of crop plants that could be used to combat crop diseases.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,160 | 0,055 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».