A Total Evidence Phylogenetic Analysis of Pinniped Phylogeny and the Possibility of Parallel Evolution Within a Monophyletic Framework
Notice bibliographique
Résumé
In the present study, a series of phylogenetic analyses of morphological, molecular, and combined morphological-molecular datasets were conducted to investigate the relationships of 23 extant and 44 fossil caniforme genera, in order to test the phylogenetic position of putative stem pinniped Puijila within a comprehensive evolutionary framework. With Canis as an outgroup, a Bayesian Inference analysis employing tip-dating of a combined molecular-morphological (i.e., Total Evidence) dataset recovered a topology in which musteloids are the sister group to a monophyletic pinniped clade, to the exclusion of ursids, and recovered Puijila and Potamotherium along the stem of Pinnipedia. A similar topology was recovered in a parsimony analysis of the same dataset. These results suggest the pinniped stem may be expanded to include additional fossil arctoid taxa, including Puijila, Potamotherium, and Kolponomos. The tip-dating analysis suggested a divergence time between pinnipeds and musteloids of ~45.16 million years ago (Ma), though a basal split between otarioids and phocids is not estimated to occur until ~26.52 Ma. These results provide further support for prolonged freshwater and nearshore phases in the evolution of pinnipeds, prior to the evolution of the extreme level of aquatic adaptation displayed by extant taxa. Ancestral character state reconstruction was used to investigate character evolution, to determine the frequency of reversals and parallelisms characterizing the three extant clades within Pinnipedia. Although the phylogenetic analyses did not directly provide any evidence of parallel evolution within the pinniped extant families, it is apparent from the inspection of previously-proposed pinniped synapomorphies, within the context of a molecular-based phylogenetic framework, that many traits shared between extant pinnipeds have arisen independently in the three clades. Notably, those traits relating to homodonty and limb-bone specialization for aquatic locomotion appear to have multiple origins within the crown group, as suggested by the retention of the plesiomorphic conditions in early-diverging fossil members of the three extant families. Thus, while the present analysis identifies a new suite of morphological synapomorphies for Pinnipedia, the frequency of reversals and other homoplasies within the clade limit their diagnostic value.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».