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Enregistrement W2984164159 · doi:10.7554/elife.45465.048

Author response: Extraocular, rod-like photoreceptors in a flatworm express xenopsin photopigment

2019· peer-review· en· W2984164159 sur OpenAlexaff
Kate A. Rawlinson, François Lapraz, Edward R. Ballister, Mark Terasaki, Jessica Rodgers, Richard J McDowell, Johannes Girstmair, Katharine E. Criswell, Miklos Boldogkoi, Fraser Simpson, David Goulding, Claire Cormie, Brian K. Hall, Robert J. Lucas, Maximilian J. Telford

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepeer-review
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiquePhotoreceptor and optogenetics research
Établissements canadiensDalhousie University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPhotopigmentOpsinBiologyVisual phototransductionRhodopsinFlatwormVertebrateCiliumAnatomyCell biologyEvolutionary biologyRetinaNeuroscienceGeneticsRetinalZoologyGeneBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Eyes are elaborate organs that many animals use to detect light and see, but light can also be sensed in other, simpler ways and for purposes other than seeing. All animals that perceive light rely on cells called photoreceptors, which come in two main types: ciliary or rhabdomeric. Sometimes, an organism has both types of photoreceptors, but one is typically more important than the other. For example, most vertebrates see using ciliary photoreceptors, while rhabdomeric photoreceptors underpin vision in invertebrates. Flatworms are invertebrates that have long been studied due to their ability to regenerate following injuries. These worms have rhabdomeric photoreceptors in their eyes, but they also have unusual cells outside their eyes that have cilia – slender protuberances from the cell body - and could potentially be light sensitive. One obvious way to test if a cell is a photoreceptor is to see if it produces any light-sensing proteins, such as opsins. Until recently it was thought that each type of photoreceptor produced a different opsin, which were therefore classified into rhabdomeric of ciliary opsins. However, recent work has identified a new type of opsin, called xenopsin, in the ciliary photoreceptors of the larvae of some marine invertebrates. To determine whether the cells outside the flatworm’s eye were ciliary photoreceptors, Rawlinson et al. examined the genetic code of 30 flatworm species looking for ciliary opsin and xenopsin genes. This search revealed that all the flatworm species studied contained the genetic sequence for xenopsin, but not for the ciliary opsin. Rawlinson et al. chose the tiger flatworm to perform further experiments. First, they showed that, in this species, xenopsin genes are active both in the eyes of larvae and in the unusual ciliary cells found outside the eyes of the adult. Next, they put the xenopsin from the tiger flatworm into human embryonic kidney cells, and found that when the protein is present these cells can respond to light. This demonstrates that the newly discovered xenopsin is light-sensitive, suggesting that the unusual ciliary cells found expressing this protein outside the eyes in flatworms are likely photoreceptive cells. It is unclear why flatworms have developed these unusual ciliary photoreceptor cells or what their purpose is outside the eye. Often, photoreceptor cells outside the eyes are used to align the ‘body clock’ with the day-night cycle. This can be a factor in healing, hinting perhaps that these newly found cells may have a role in flatworms’ ability to regenerate.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,188
Score d'incertitude au seuil0,627

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0050,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,1880,065

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,095
Tête enseignante GPT0,385
Écart entre enseignants0,290 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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