Functional and topographic effects on DNA methylation in IDH1/2 mutant cancers
Notice bibliographique
Résumé
IDH1/2 mutations are early drivers present in diverse human cancer types arising in various tissue sites. IDH1/2 mutation is known to induce a global hypermethylator phenotype. However, the effects on DNA methylation across IDH mutant cancers and functionally different genome regions, remain unknown. We analyzed DNA methylation data from IDH1/2 mutant acute myeloid leukemia, oligodendroglioma, astrocytoma, solid papillary breast carcinoma with reverse polarity, sinonasal undifferentiated carcinoma and cholangiocarcinoma, which clustered by their embryonal origin. Hypermethylated common probes affect predominantly gene bodies while promoters in IDH1/2 mutant cancers remain unmethylated. Enhancers showed global hypermethylation, however commonly hypomethylated enhancers were associated with tissue differentiation and cell fate determination. We demonstrate that some chromosomes, chromosomal arms and chromosomal regions are more affected by IDH1/2 mutations while others remain resistant to IDH1/2 mutation induced methylation changes. Therefore IDH1/2 mutations have different methylation effect on different parts of the genome, which may be regulated by different mechanisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».