Abstracts of Presentations at IS-MPMI XVIII Congress
Notice bibliographique
Résumé
Stem rust, caused by Puccinia graminis f. sp. tritici (Pgt), is a devastating disease of wheat and barley. The recognition of Pgt as a global threat to food security was substantiated by the emergence of races in the Ug99 lineage from Africa, which are virulent to most wheat cultivars in the world. Similar to other rust fungi, Pgt is a dikaryotic organism, with two haploid nuclei (karyons) during the infection process on wheat. We developed a new strategy to generate haplotype-phased genome assemblies of Pgt using PacBio long reads, to better understand the genomic architecture and evolution of this pathogen. Comparison of a fully haplotype-resolved assembly of Ug99 to two Pgt isolates of the race 21 group found in South Africa and Australia provides evidence that Pgt Ug99 arose by a somatic hybridization event caused by nuclear exchange during the vegetative phase. Inter-isolate comparisons indicated that one complete haplotype of the race 21 isolates is shared with Pgt Ug99. This is S1.2 supported by whole-genome sequence alignments, structural variation analysis, read cross mapping, and phylogenetic analyses. DNA proximity analysis from Hi-C data supports the physical separation of the two predicted haplotypes into separate nuclei. Based on these findings, we propose a model that ascribes the origin of the Pgt Ug99 lineage to a somatic hybridization event that occurred in Africa.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».