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Enregistrement W2985486639 · doi:10.7554/elife.04494.024

Author response: Phenotypic complementation of genetic immunodeficiency by chronic herpesvirus infection

2014· peer-review· en· W2985486639 sur OpenAlexaff
Donna A. MacDuff, Tiffany A. Reese, Jacqueline M. Kimmey, Leslie A. Weiss, Christina Song, Xin Zhang, Amal Kambal, Erning Duan, Javier A. Carrero, Bertrand Boisson, Emmanuel Laplantine, Alain Israël, Capucine Pïcard, Marco Colonna, Brian T. Edelson, L. David Sibley, Christina L. Stallings, Jean‐Laurent Casanova, Kazuhiro Iwaï, Herbert W. Virgin

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepeer-review
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmunodeficiency and Autoimmune Disorders
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésImmunodeficiencyImmunologyBiologyImmune systemPhenotypeImmunodeficiency SyndromeInflammationSevere combined immunodeficiencyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The immune system protects an individual from invading bacteria, viruses and parasites, as well as malfunctioning or cancerous host cells. However, some people inherit genetic defects that cause part of the immune system to be missing or to not work properly. This is called a genetic immunodeficiency, and puts individuals at a higher risk of infection and disease. The symptoms of immunodeficiencies can vary substantially between individuals, even when they have defects in the same gene. For example, only some of the individuals who have defects in both of their copies of a gene called HOIL-1—which has been linked to several roles in the body's immune response—are reported to suffer from an altered susceptibility to bacterial infections and chronic (persistent) inflammation. Gaining a clear understanding of the possible factors that influence such variations in the symptoms of genetic immune deficiencies could help to speed up their diagnosis, as well as helping to develop more effective treatments. MacDuff et al. studied mice that had mutations in both copies of the mouse equivalent of the HOIL-1 gene. These mice, when raised in a clean barrier facility that reduces their exposure to viruses, were severely immunodeficient and died when infected by certain bacteria and parasites, including Listeria monocytogenes. However, they were able to tolerate infections with a herpesvirus or the bacterium that causes tuberculosis. The immunodeficiency to L. monocytogenes was linked to problems producing protective molecules called cytokines, which form a crucial part of the immune response. Unexpectedly, MacDuff et al. found that a chronic herpesvirus infection substantially protected these very immunodeficient animals from infection with Listeria monocytogenes, and the mice were able to efficiently produce protective cytokines. Mice with two other distinct genetic deficiencies that affect their immune system were also better able to survive otherwise lethal bacterial infections if they had a long-term herpesvirus infection. Macduff et al. suggest that the chronic herpesvirus infection stimulates the immune system, and so allows it to compensate for the lack of cytokine production associated with various immunodeficiencies, including those caused by mutations in the HOIL-1 gene. This suggests that the presence of viruses or other long-term infections may be responsible for some of the variability seen in the symptoms of different individuals with the same genetic immunodeficiency. This is an important concept since essentially all humans have life-long chronic infections from various herpesviruses, as well as other viruses that form the human virome.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,354
Score d'incertitude au seuil0,922

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,003
Intégrité de la recherche0,0030,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,3540,168

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,308
Écart entre enseignants0,287 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2014
Routes d'admission1
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