PATH-21. CLINICAL UTILITY OF DNA METHYLATION PROFILING FOR DIAGNOSIS OF CHALLENGING CENTRAL NERVOUS SYSTEM TUMORS: THE TORONTO EXPERIENCE
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The update on the WHO classification of central nervous system (CNS) tumors incorporated molecular signatures for a more accurate diagnosis. Recently, DKFZ has demonstrated the utility of DNA methylation profiling(MP) for molecular classification of CNS tumors. We performed a prospective clinical study over the last three years to evaluate the clinical utility ofDNA MP on FFPE samples of 66 challenging CNS tumor cases using online DKFZ classifier. Eleven samples were excluded due to low tumor DNA content or low calibration(predictive) scores(CS)< 0.3.DNA MP confirmed the original pathology diagnoses in 15(27%)cases. The integrated molecular diagnoses were changed in 38/55(70%) including establishment of a new diagnostic entity, change in molecular signature and subtyping. TheWHO grades were changed in 16(27%) of the tumors; about two-thirds resulted in upgrading. We detected non-canonical IDH mutations in 9 diffuse gliomas and the CNV plots revealed false positive FISH results for 1p/19q co-deletion in two diffuse gliomas. The CNV plots contributed to the final diagnosis in 40(72%) patients. The molecular subtypes of medulloblastoma, ependymoma and glioblastoma subclasses were determined in 36(65%) cases. Seventy-five percent of cases with confirmation of initial diagnosis or change in molecular diagnosis had CS > 0.5, among which 51% had a CS >0.9. The median and range CS of cases with new diagnostic entity and confirmed cases were 0.86(0.37–0.99) and 0.98(0.42–0.99), respectably. Furthermore, we detected higher CS in IDH-mutant gliomas in comparison to glioblastoma IDH-wild type(P=0.04). We also observed lower CS in mesenchymal glioblastoma in comparison to other subclasses. The MGMT promoter methylation was determined in 17/20(85%) glioblastoma cases. While the DKFZ group established CS of 0.9 as a cut-off for matching to methylation classes, our findings suggest lower threshold values in challenging CNS tumor cases. Our experience indicates clinical utility of MP of challenging CNS tumors as a reliable ancillary diagnostic tool in routine neuropathology practice.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».