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Enregistrement W2985796909 · doi:10.7554/elife.26947.042

Author response: Size uniformity of animal cells is actively maintained by a p38 MAPK-dependent regulation of G1-length

2017· peer-review· en· W2985796909 sur OpenAlexaff
Shixuan Liu, Miriam B. Ginzberg, Nish Patel, Marc Hild, Bosco Leung, Zhengda Li, Yen‐Chi Chen, Nancy Chang, Yuan Wang, Ceryl Tan, Shulamit Diena, William S. Trimble, Larry Wasserman, Jeremy L. Jenkins, Marc W. Kirschner, Ran Kafri

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepeer-review
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueFungal and yeast genetics research
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyp38 mitogen-activated protein kinasesCellCell sizeCell biologyMAPK/ERK pathwayComputer scienceComputational biologyChemistryGeneticsSignal transduction

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Animal cells come in many different sizes. In humans, for example, egg cells are thousands of times larger than sperm cells. Yet cells of any given type are often strikingly similar in size. The cells that line the surface of organs including the skin and kidneys are especially uniform; in fact a loss of size uniformity in certain tumors is a sign of malignancy. What kind of regulation could enable separate cells within a tissue to have the same size? One possibility is that each type of cell is programmed with a specific target size, and that a cell can sense if it strays from its target and compensate with longer or shorter periods of growth. Animal cells sensing their own size was first reported in the 1960s, and since then much research in this area has focused on “cell size checkpoints”. These mechanisms stop cells that are too small from progressing through the series of events that allow one cell to divide in two, which is known as the cell cycle. Supporting the existence of size checkpoints, studies in yeast have repeatedly shown that cells that start off smaller tend to grow for longer during stages of cell cycle named G1 and G2. Several researchers have proposed different mechanisms to explain how information about a cell’s starting size influences the length of its cell cycle to result in the negative correlation between these two factors. However, as yet no one had managed to find a way to break this negative correlation, which would greatly help scientists to confirm the actual mechanisms that cells use to sense their size. To address this, Liu, Ginzberg et al. first looked for chemicals that, when added to human cells, stopped cell size from being correlated with the time taken to complete a cell cycle. This search revealed that information about cell size is communicated to regulators of the cell cycle via a signaling pathway that involves an enzyme known as the p38 MAPK. Liu, Ginzberg et al. then showed that this specific pathway is activated in small but not large cells, where it slows the small cells’ progress through the cell cycle. As expected, inhibiting the p38 enzyme also broke down the relationship between time spent in G1 and cell size, and led to the human cells growing to a range of different sizes. These findings now pave the road to answering a fundamental question in cell biology: what is the elusive cell size sensor? Understanding how cells sense their size will open a window onto how quantitative information is programmed, sensed and communicated within living cells. These findings will shed also new light onto how cells specialize into cell types of different sizes, and what happens when cells lose the ability to sense or regulate their size in diseases like cancers.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,013
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,358
Score d'incertitude au seuil0,916

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,013
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0040,002
Science ouverte0,0020,004
Intégrité de la recherche0,0100,006
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,3580,160

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,344
Écart entre enseignants0,314 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2017
Routes d'admission1
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