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Enregistrement W2986036817 · doi:10.7554/elife.17227.020

Author response: Resolving coiled shapes reveals new reorientation behaviors in C. elegans

2016· peer-review· en· W2986036817 sur OpenAlexaff
Onno D. Broekmans, Jarlath Byrne Rodgers, William S. Ryu, Greg J. Stephens

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepeer-review
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics, Aging, and Longevity in Model Organisms
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSuperposition principleSimple (philosophy)Computer scienceCurvatureTracking (education)ExploitArtificial intelligenceOmegaPhysicsAlgorithmMathematicsGeometryPsychology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We all instinctively recognize behavior: it’s what organisms do, whether they are single cells searching for food, or birds singing to mark their territory. If we want to understand behavior, however, we have to be able to characterize such actions as precisely and completely as their underlying molecular and cellular mechanisms. For the millimeter-sized roundworm C. elegans, video tracking and analysis has produced a compact characterization of naturally occurring worm postures. Simply put: every body posture of the worm is a different mix of four fundamental postures called ‘eigenworms’. The worm’s snake-like motion is then a series of combinations of these projections, which can be analyzed to provide an automatic and measureable read-out of the worm’s behavior. There is, however, an important caveat: when the worm makes a ‘loop’, and crosses over itself, such posture analysis is inapplicable. That is unfortunate: some of the worm’s most interesting behavior involves looping. One example is the “omega turn”, named after the shape of the Greek letter Ω. This sharp turn is used by the worm to steer away from harm, and more generally to abruptly reorient during the search for food and for mates. Broekmans et al. have now created an algorithm, based on eigenworms, which can analyze worm images that encompass both looped and normal shapes. The result is a complete ‘behavioral microscope’ that shows how C. elegans moves in 2D. Focusing this microscope in particular on the omega turn, Broekmans et al. found that such turns are not, as has been previously described, a single behavior. Instead, they are two separate behaviors that represent the worm’s equivalent of a left-right step. Together with previous posture analysis the work presented by Broekmans et al. allows for the full and precise measurement of the body shapes of C. elegans in 2D. This, combined with remarkable recent progress in global brain and gene expression imaging, should help to uncover new mechanisms that ultimately produce and control a worm’s behavior.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,008
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,055
Score d'incertitude au seuil0,184

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,008
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0030,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0550,019

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,330
Écart entre enseignants0,303 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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