Increase in detection of Corynebacterium diphtheriae in Canada: 2006–2019
Notice bibliographique
Résumé
Background: Increasingly, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF) has been used to provide rapid, inexpensive and precise identification of bacteria, including Corynebacterium species.Only three Corynebacterium species are able to produce diphtheria toxin (DT), and strains recovered may be either toxin-producing or non-toxin-producing.It appears the more precise bacterial identification provided by MALDI-TOF systems has led to an increase in requests submitted to the National Microbiology Laboratory (NML) for toxin testing.Objective: To describe the number of isolates identified as C. diphtheriae, C. ulcerans and C. pseudotuberculosis, submitted to the NML between January 2006 and July 30, 2019, including their geographic area, source, and whether they produce DT.Methods: Referrals to the NML of human or animal isolates that were identified as any of those three Corynebacterium species were studied with respect to province, source and toxigenicity.Species identification was confirmed and then specimens were tested by polymerase chain reaction for the presence of tox genes and, if positive, for expression of DT by the modified Elek method.Analysis was descriptive.Results: Over the study period, 639 isolates were identified as C. diphtheriae, 22 isolates as C. ulcerans; no isolates were identified as C. pseudotuberculosis.There was an increase in C. diphtheriae referrals for DT testing: from eight per year in 2006 to an average of 15 per month in 2019, or a 1,200% increase over the 13.6-year period.The referrals were primarily from western Canada (n=609/639; 95%).Most (638/639, 99%) were human isolates and most were obtained from cutaneous sites.Of those isolates, 87/639 (13.6%) were found to be toxigenic and 552/639 (86.4%) non-toxigenic.Among C. ulcerans referrals, 17/22 (77%) were from humans and five (23%) were from animals, with 10/22 (45%) being toxigenic.Conclusion: There has been a marked increase in referrals to the NML for DT testing of Corynebacterium species.This could be due to the enhanced ability to identify these bacteria using MALDI-TOF systems.Ongoing monitoring will help to assess whether the increase is due solely to increased precision of diagnosis or whether these are emerging cutaneous pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».