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Enregistrement W2986832571 · doi:10.1101/836510

Exploring Survival Models Associated with MCI to AD Conversion: A Machine Learning Approach

2019· preprint· en· W2986832571 sur OpenAlexfundno aff
Jorge Orozco, Víctor Treviño, Emmanuel Martínez-Ledesma, Joshua Μ. Farber, José G. Tamez‐Peña

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueDementia and Cognitive Impairment Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute on AgingNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthGenentechIXICOH. Lundbeck A/SServierInstituto Tecnológico y de Estudios Superiores de MonterreySecretaría de Educación Superior, Ciencia, Tecnología e InnovaciónEisaiNorthern California Institute for Research and EducationPfizerBiogenBioClinicaF. Hoffmann-La RocheUniversity of Southern CaliforniaEli Lilly and CompanyU.S. Department of DefenseMeso Scale DiagnosticsAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeNovartis Pharmaceuticals CorporationBristol-Myers SquibbAlzheimer's AssociationFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésProportional hazards modelMultivariate statisticsNeuroimagingConcordanceHazard ratioRegressionArtificial intelligenceCognitive impairmentRegression analysisFeature (linguistics)Computer scienceMachine learningDiseaseMedicinePsychologyInternal medicineStatisticsNeuroscienceConfidence intervalMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Several studies have documented that structural MRI findings are associated with the presence of early-stage Alzheimer Disease (AD). However, the association of each MRI feature with the rate of conversion from mild cognitive impairment (MCI) to AD in a multivariate setting has not been studied fully. The objective of this work is the comprehensive exploration of four different machine learning (ML) strategies to build MRI-based multivariate Cox regression models. These models evaluated the association of MRI features with the time of MCI to clinical AD conversion. We used 442 MCI subjects from the Alzheimer’s disease Neuroimaging Initiative (ADNI) study. Each subject was described by 346 MRI features and time to AD conversion. Cox regression models then estimated the rate of conversion. Models were built using four ML methodologies in a cross-validation (CV) setting. All the ML methods returned successful Cox models with different CV performances. The best model exhibited a concordance index of 0.84 (95% CI: 0.82-0.86). The final analysis described the hazard ratios (HR) of the top ten MRI features associated with MCI to AD conversion. Our results suggest ML exploration is a viable strategy for building and analyzing survival models that predict subjects at risk of AD conversion.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,018
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,033
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,018
Score d'incertitude au seuil0,098

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0180,033
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0030,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,067
Tête enseignante GPT0,255
Écart entre enseignants0,189 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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