Genetic analysis suggests a long and largely isolated evolutionary history of plum pox virus strain D in Turkey
Notice bibliographique
Résumé
Plum pox virus (PPV) strain D is globally distributed and causes serious losses in stone fruits in over 40 countries. Here, full‐length genomic sequences were analysed for 44 PPV‐D isolates from all regions of Turkey, together with partial sequences for a larger number of isolates. PPV‐D isolates from Turkey are similar to other PPV‐D isolates in all major genomic features. However, the majority of Turkish PPV‐D isolates form separate phylogenetic clusters from all other isolates and show a geographical clustering tendency, suggestive of limited movement between regions. In particular, PPV‐D isolates from Thrace and Central Anatolia formed a monophyletic sister cluster to the cluster that includes all previously known PPV‐D isolates. Two isolates with strong evidence of recombination with the PPV‐T strain were identified, together with two isolates with weaker evidence for intra‐D strain recombination. The genetic diversity of PPV‐D was found to be particularly high in Turkey (0.017 ± 0.001%), close to that observed for PPV‐D world diversity once the over‐represented isolates from Japan, the USA and Canada have been excluded (0.020 ± 0.001%). Taken together, these results suggest a long and largely isolated evolutionary history of PPV‐D in Turkey and further extend knowledge of the diversity of this highly successful strain. The high diversity of PPV‐D in Turkey, together with the basal phylogenetic position of Turkish isolates, are compatible with a hypothesis making Turkey the centre of origin of the D strain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».