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Enregistrement W2987311283 · doi:10.7554/elife.20145.024

Author response: A conserved bacterial protein induces pancreatic beta cell expansion during zebrafish development

2016· peer-review· en· W2987311283 sur OpenAlexaff
Jennifer Hampton Hill, Eric A. Franzosa, Curtis Huttenhower, Karen Guillemin

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepeer-review
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePancreatic function and diabetes
Établissements canadiensCanadian Institute for Advanced Research
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésZebrafishBiologyBETA (programming language)Cell biologyBeta cellComputational biologyGeneticsComputer scienceEndocrinologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

For a long time, genes and carefully orchestrated chemical signals from the mother’s body have been known to shape the earliest phases of an embryo’s development. More recently, researchers have started to appreciate that environmental cues – such as signals from nearby bacteria – also shape animal development. The body is home to a teeming community of bacteria and other microbes, called the microbiota. Because the gut houses more microbes than any other part of the body, the role that the microbiota plays in gut development has been investigated. Less is known about how the microbiota affects the development of the other organs involved in digestion, such as the pancreas. In developing fish and mammals, the pancreas grows its population of insulin-producing beta cells during the same period of development in which the microbial population of the gut becomes established. Now, Hill et al. show that certain gut bacteria are necessary for the pancreas to populate itself with a robust number of beta cells during development. Normally, the number of beta cells in zebrafish larvae increases steadily in the first few days after hatching. However, developing zebrafish that were reared in a microbe-free environment maintained the same number of beta cells as they had before hatching. Exposing the microbe-free fish to certain bacteria restored their beta cell populations to normal levels. Further investigation revealed that these bacteria release a protein called BefA that causes the beta cells to multiply. Some bacteria in humans produce proteins that are similar to BefA. Hill et al. performed experiments that showed that these proteins also stimulate beta cell development in microbe-free fish. Future studies are now needed to investigate the mechanism by which the proteins affect beta cell development, and to find out whether they have the same effect in humans and other animals. This will help us to understand whether a lack of gut microbes could contribute to the development of diseases, such as diabetes, that are characterized by insufficient numbers of beta cells.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,053
Score d'incertitude au seuil0,178

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0530,015

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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