Delmarva (DMV/1639) Infectious Bronchitis Virus (IBV) Variants Isolated in Eastern Canada Show Evidence of Recombination
Notice bibliographique
Résumé
Infectious bronchitis virus (IBV) infection in chickens can lead to an economically important disease, namely, infectious bronchitis (IB). New IBV variants are continuously emerging, which complicates vaccination-based IB control. In this study, five IBVs were isolated from clinical samples submitted to a diagnostic laboratory in Ontario, Canada, and subjected to detailed molecular characterization. Analysis of the spike (S)1 gene showed that these five IBVs were highly related to the Delmarva (DMV/1639) strain (~97.0% nucleotide sequence similarity) that was firstly isolated from an IB outbreak in the Delmarva peninsula, United States of America (USA), in 2011. However, the complete genomic sequence analysis showed a 93.5-93.7% similarity with the Connecticut (Conn) vaccine strain, suggesting that Conn-like viruses contributed to the evolution of the five Canadian IBV/DMV isolates. A SimPlot analysis of the complete genomic sequence showed evidence of recombination for at least three different IBV strains, including a Conn vaccine-like strain, a 4/91 vaccine-like strain, and one strain that is yet-unidentified. The unidentified strain may have contributed the genomic regions of the S, 3, and membrane (M) genes of the five Canadian IBV/DMV isolates. The study outcomes add to the existing knowledge about involvement of recombination in IBV evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».