The Application of Oligonucleotide Templated Chemical Reactions to DNA Aptamers
Notice bibliographique
Résumé
The ability of an aptamer to catalyze a chemical reaction under selective conditions presents a novel avenue for the exploration of biosensors and molecular payload delivery.To date, limited research exists for pairing oligonucleotide-templated chemical reactions with the selective nature of DNA aptamers.A system can be designed wherein the conformational change in aptamer structure associated with target binding brings two previously spatially isolated reactants into proximity, thereby catalyzing their reaction through an increase in effective molarity.A rationally designed aptamer-mediated SN2 displacement of a sulfonyl-based fluorescence quencher resulted in an effective increase in fluorescence upon mixing of the aptamer with two appropriately modified complementary oligonucleotides.This increased fluorescence could be slowed by the presence of the aptamer target, permitting the development of an aptamer-based sensor for the mycotoxin ochratoxin A. Using this turn-off type sensor system, a linear dynamic range of 100 μM to 100 pM ochratoxin A could be detected with a limit of detection of 1.5 pM.Similar aptamer-based sensor systems were also developed that could take advantage of the fluorogenic copper catalyzed azide-alkyne cycloadditions between two labeled probes that could be slowed by the presence of the aptamer target.This has been demonstrated using the thrombin structure switching DNA aptamer to produce a linear response to thrombin between 100 nM and 10 pM with a limit of detection of 3.9 fM.These fluorogenic click modifiers were also incorporated directly into a structureswitching thrombin aptamer such that the G-quadruplex formed upon thrombin binding 5.3.2.3Polyacrylamide gel electrophoresis ..........
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».