CMET-32. DNA METHYLATION ALTERATIONS IN LUNG ADENOCARCINOMAS THAT DEVELOP BRAIN METASTASES
Notice bibliographique
Résumé
Abstract INTRODUCTION The development of brain metastases from primary cancer profoundly impacts patient prognosis. Metastases are the most common adult brain tumor with up to one quarter of lung cancers developing metastases and median overall survival after metastasis being one year. Clinical factors do not reliably predict brain metastasis development and over 90% are identified after symptoms develop. DNA methylation signatures predict outcomes in other cancers and so identifying signatures that predict metastasis development may allow for treatment strategies that prevent development in high risk patients. METHODS Whole genome DNA-methylation profiling was undertaken on N=124 lung adenocarcinoma patients after bisulfite conversion of DNA from formalin-fixed paraffin-embedded tissue. In a randomly selected 70% training cohort, the most differentially methylated CpG sites between patients developing and not developing brain metastases were identified with p< 0.05. A generalized boosted regression model built on these selected features output brain metastasis risk scores for patients in the independent 30% testing cohort. RESULTS Brain metastases developed in 49/124 (39.5%) of patients and 2.3K CpG sites were significantly differentially methylated between patients developing and not developing metastases. Methylation-based brain metastasis risk scores predicted time to brain metastasis in a univariate cox regression model (HR=3.2, 95% CI 1.1–9.4, p=0.03). A corresponding area under the receiver operating characteristic curve at 52 months was 0.64. A multivariate cox analysis including tumor size and nodal status, representing the non-metastatic components of cancer stage, identified methylation score as the only independent predictor of brain metastasis (HR=4.3, 95%CI 1.1–17, p=0.038). CONCLUSIONS DNA methylation signatures in lung adenocarcinoma predict brain metastasis development independent of stage components, which classically predict patient outcome in cancer. Future work developing a comprehensive nomogram utilizing methylation scores together with other clinical factors to determine patient specific risk values may aid in treatment decisions and patient prognosis counselling.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».