Author response: Unravelling druggable signalling networks that control F508del-CFTR proteostasis
Notice bibliographique
Résumé
Cystic fibrosis is a genetic disease that commonly affects people of European descent. The condition is caused by mutations in the gene encoding a protein called “cystic fibrosis transmembrane conductance regulator” (or CFTR for short). CFTR forms a channel in the membrane of cells in the lungs that help transport salt across the membrane. Mutated versions of the protein are not as efficient at transporting salts, and eventually this damages the lung tissue. As the damage progresses, individuals become very vulnerable to bacterial infections that further damage the lungs and may eventually lead to death. One of the reasons CFTR mutations are harmful is that they cause the protein to fold up incorrectly and remain trapped inside the cell. Cells have quality control systems that recognize and destroy poorly folded proteins, and so only a few of the mutated CFTR proteins ever make it to the membrane to move salts. New therapies have been developed that improve folding of the protein and/or help the CFTR proteins that make it to the membrane work better. But more and better treatment options are needed. Hegde, Parashuraman et al. have now tested drugs that control how proteins fold and move to the membrane to see how they affect gene expression in cells with the most common cystic fibrosis-causing mutation. These drugs are known to improve the activity of the CFTR mutant, but do so too weakly to be of clinical interest. The experiments revealed that the expression of a few hundred genes was changed in response the drugs. Many of these genes were involved in major signalling pathways that control how CFTR is folded and trafficked within cells. Next, Hegde, Parashuraman et al. tested drugs that inhibit these signalling pathways to see if they improve salt handling in the mutated cells. The experiments demonstrated that these inhibitor drugs efficiently block the breakdown of misfolded CFTR, or boost the likelihood of CFTR making it to the membrane, helping improve salt trafficking in the cells. The inhibitors produced even better results when used in combination with a known CFTR-protecting drug. The results suggest that identifying and targeting signalling pathways involved in the folding, trafficking, and breakdown of CFTR may prove a promising way to treat cystic fibrosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,012 | 0,009 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,172 | 0,073 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».