Integrated transcriptomic and proteomic analyses of the tissues from the digestive gland of <i>Chlamys farreri</i> following cadmium exposure
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Cadmium causes the pollution of marine habitat and Chlamys farreri is an effective concentrator of heavy metals, the aim of this study was to study the response mechanism of C. farreri to cadmium stress at transcriptomic and proteomic levels. METHODS: Transcriptomic analysis based on RNA-sequencing and proteomic analysis based on isobaric tags for relative and absolute quantitation were performed to reveal the molecular response of C. farreri to different concentrations of cadmium (0.1, 0.3, and 1 mg/L). In addition, a protein-protein interaction (PPI) network was constructed based on the Cytoscape tool to identify hub proteins related to the response of C. farreri to cadmium stress. RESULTS: A total of 24 190 unigenes from 58 683 candidates were annotated in known databases. The numbers of the differentially expressed unigenes (DEGs) was different among the three cadmium-treated groups compared with the control group. DEGs were involved in many pathways such as ABC transporters, protein processing in endoplasmic reticulum and endocytosis. A total of 660 proteins were identified, and differentially expressed proteins (DEPs) among different groups were determined. The overlapping DEGs and DEPs were associated with cadmium response. The upregulated unigene0002618 and downregulated unigene0000904 may be more important for the response of C. farreri to cadmium stress. Unigene0009750 was the hub protein in the PPI network with the highest degree of 20. CONCLUSIONS: Our transcriptomic and proteomic analyses elucidated the molecular response of C. farreri to cadmium stress.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».