Author response: The kinetoplastid-infecting Bodo saltans virus (BsV), a window into the most abundant giant viruses in the sea
Notice bibliographique
Résumé
In oceans, rivers and lakes, there are about a million viruses in every milliliter of water. Most of these viruses are tiny, often 10 or 100 times smaller than bacteria. However, a few reach a similar size and complexity to bacteria, and so stand out as relative giants. Relative to other viruses, Giant Viruses have much more DNA in their genome, which in turn provides the genetic template to produce the proteins that allow viruses to reproduce largely independently of its host. Typically, more than half of the genes encoded by Giant Viruses have no evident similarity to genes from other viruses or cellular life. Sequencing DNA from ocean water suggests that Giant Viruses are abundant and ecologically important; yet, few have been isolated from the microbes that they infect. Without being able to study Giant Viruses in the laboratory, little can be known about their biology, the way they infect their hosts, and their broader influence on aquatic life. Deeg et al. have now isolated and characterized the giant Bodo saltans virus (BsV), a Giant Virus that infects an ecologically important microbe commonly found in aquatic environments. Sequencing the genome of BsV revealed many previously unknown genes, as well as several unusual features. For example, the genome contains movable genetic elements that might help to fend off other giant viruses by cutting their genomes. In addition, the set of genes used by BsV to translate mRNA templates into proteins differs from those found in other giant viruses, implying that they are not derived from a more complex common ancestor. The size of the genome appears to have grown rapidly by the duplication of genes at the end of the genome – a feature known as a genomic accordion. The identity of the duplicated genes suggests that there is an evolutionary arms race with its host that forces genome expansion. Further studies of the BsV genome could help researchers to understand the origin of gigantism in the genomes of giant viruses.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,014 | 0,008 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,177 | 0,076 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».