JASPAR 2020: update of the open-access database of transcription factor binding profiles

2019· article· en· 1 923 citations· W2988716798 sur OpenAlex· 10.1093/nar/gkz1001

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Affiliation canadienneUne personne signataire a déclaré un établissement canadien. C'est la seule voie dont dispose la base habituelle.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Scores machine (provisoires)

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Tête enseignante Opus0,087

Tête enseignante GPT0,402

Écart entre enseignants: 0,316 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation: score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Résumé

JASPAR (http://jaspar.genereg.net) is an open-access database of curated, non-redundant transcription factor (TF)-binding profiles stored as position frequency matrices (PFMs) for TFs across multiple species in six taxonomic groups. In this 8th release of JASPAR, the CORE collection has been expanded with 245 new PFMs (169 for vertebrates, 42 for plants, 17 for nematodes, 10 for insects, and 7 for fungi), and 156 PFMs were updated (125 for vertebrates, 28 for plants and 3 for insects). These new profiles represent an 18% expansion compared to the previous release. JASPAR 2020 comes with a novel collection of unvalidated TF-binding profiles for which our curators did not find orthogonal supporting evidence in the literature. This collection has a dedicated web form to engage the community in the curation of unvalidated TF-binding profiles. Moreover, we created a Q&A forum to ease the communication between the user community and JASPAR curators. Finally, we updated the genomic tracks, inference tool, and TF-binding profile similarity clusters. All the data is available through the JASPAR website, its associated RESTful API, and through the JASPAR2020 R/Bioconductor package.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

La notice

Revue: Nucleic Acids Research
Thématique: RNA modifications and cancer
Domaine: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Établissements canadiens: BC Children's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnaires: Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilHelse Sør-Øst RHFMedical Research CouncilNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaLundbeckfondenCHIST-ERANederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekAgence Nationale de la RechercheGenome British ColumbiaH. Lundbeck A/SWestern Canada Research GridCanadian Institutes of Health ResearchDanmarks Frie ForskningsfondCompute CanadaWeston Brain InstituteBC Children's HospitalMichael Smith Health Research BCNorges ForskningsrådKreftforeningenChildren's Hospital FoundationUniversitetet i OsloGenome Canada
Mots-clés: BiologyTranscription factorDNA binding siteComputational biologyGeneticsDatabasePromoterGeneGene expressionComputer science
Résumé présent dans OpenAlex: oui
API: /api/v1/works/W2988716798