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Enregistrement W2989167319 · doi:10.1101/gr.253047.119

Copolymerization of single-cell nucleic acids into balls of acrylamide gel

2019· article· en· W2989167319 sur OpenAlex
Siran Li, Jude Kendall, Sarah Park, Zihua Wang, Joan Alexander, Andrea B. Moffitt, Nissim Ranade, Cassidy Danyko, Bruno Gegenhuber, Stephan Fischer, Brian D. Robinson, Herbert Lepor, Jessica Tollkühn, Jesse Gillis, Eric Brouzés, A. Krasnitz, Dan Levy, Michael Wigler

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.
no affAucune affiliation canadienne : ce travail est invisible pour une base fondée sur la seule affiliation.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Notice bibliographique

RevueGenome Research · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesU.S. National Library of MedicineNational Institute of General Medical SciencesNational Institute of Mental HealthNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthYork UniversityCold Spring Harbor LaboratorySimons Foundation Autism Research InitiativeCalifornia Institute of TechnologyBreast Cancer Research FoundationNYU Langone Medical CenterSimons Foundation
Mots-clésBiologyNucleic acidAcrylamideCopolymerPolyacrylamide gel electrophoresisBiochemistryPolymerOrganic chemistryEnzymeChemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

el (BAGs). Combining this step with split-and-pool techniques for creating barcodes yields a method with advantages in cost and scalability, depth of coverage, ease of operation, minimal cross-contamination, and efficient use of samples. We perform DNA copy number profiling on mixtures of cell lines, nuclei from frozen prostate tumors, and biopsy washes. As applied to RNA, the method has high capture efficiency of transcripts and sufficient consistency to clearly distinguish the expression patterns of cell lines and individual nuclei from neurons dissected from the mouse brain. By using varietal tags (UMIs) to achieve sequence error correction, we show extremely low levels of cross-contamination by tracking source-specific SNVs. The method is readily modifiable, and we will discuss its adaptability and diverse applications.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,429

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,283
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle