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Enregistrement W2989223418 · doi:10.1101/683367

Common genetic variation indicates separate etiologies for periventricular and deep white matter hyperintensities

2019· preprint· en· W2989223418 sur OpenAlexaff
Nicola J. Armstrong, Karen A. Mather, Muralidharan Sargurupremraj, Maria J. Knol, Rainer Malik, Claudia L. Satizábal, Lisa R. Yanek, Wen Wei, Vilmundur Guðnason, Nicole D Deuker, Lloyd T. Elliott, Edith Hofer, Neda Jahanshad, Shuo Li, Mark Logue, Michelle Luciano, Markus Scholz, Albert V. Smith, Stella Trompet, Dina Vojinović, Rui Xia, Fidel Alfaro‐Almagro, David Ames, Najaf Amin, Philippe Amouyel, Alexa Beiser, Henry Brodaty, Ian J. Deary, Christine Fennema‐Notestine, Piyush G Gampwar, Rebecca F. Gottesman, Ludovica Griffanti, Clifford R. Jack, Mark Jenkinson, Jiyang Jain, Brian G. Kral, John B. Kwok, Leonie Lampe, David C. Liewald, Pauline Maillard, Jonathan Marchini, Mark E. Bastin, Bernard Mazoyer, Lukas Pirpamer, José R. Romero, Gennady V. Roshchupkin, Peter R. Schofield, Matthias L. Schroeter, David J. Stott, Anbupalam Thalamuth, Julian N. Trollor, Christophe Tzourio, Jeroen van der Grond, Meike W. Vernooij, A. Veronica Witte, Maragret J Wright, Qiong Yang, Moris Zoe, Siggi Siggurdsson, Arno Villringer, Helena Schmidt, Asta Håberg, Cornelia M. van Duijn, J. Wouter Jukema, Martin Dichigans, Ralph L. Sacco, Clinton B. Wright, William S. Kremen, Lewis C. Becker, Paul M. Thompson, Lenore J. Launer, Thomas H. Mosley, Joanna M. Wardlaw, Mohammad Ikram, Hieab H.H. Adams, Reinhold Schmidt, Stephen M. Smith, Charles DeCarli, Perminder S. Sachdev, Myriam Fornage, Stephanie Debbette, Sudha Seshadri, Paul Nyquist

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA regulation and disease
Établissements canadiensSimon Fraser University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHyperintensityLocus (genetics)Genome-wide association studyWhite matterGenetic associationEtiologyGenetic architectureBiologyCandidate genePhenotypeDiseaseIschemic strokeGeneticsMedicinePathologyGeneMagnetic resonance imagingCardiologyGenotypeSingle-nucleotide polymorphismIschemia

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract We conducted a genome-wide association meta-analysis of two ischemic white matter disease subtypes in the brain, periventricular and deep white matter hyperintensities (PVWMH and DWMH). In 26,654 participants, we found 10 independent genome-wide significant loci only associated with PVWMH, four of which have not been described previously for total WMH burden (16q24.2, 17q21.31, 10q23.1, 7q36.1). Additionally, in both PVWMH and DWMH we observed the previous association of the 17q25.1 locus with total WMH. We found that both phenotypes have shared but also distinct genetic architectures, consistent with both different underlying and related pathophysiology. PVWMH had more extensive genetic overlap with small vessel ischemic stroke, and unique associations with several loci implicated in ischemic stroke. DWMH were characterized by associations with loci previously implicated in vascular as well as astrocytic and neuronal function. Our study confirms the utility of these phenotypes and identifies new candidate genes associated only with PVWMH.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,608
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,215
Écart entre enseignants0,207 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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