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Enregistrement W2989288862 · doi:10.7554/elife.47615.062

Author response: Endangered wild salmon infected by newly discovered viruses

2019· peer-review· en· W2989288862 sur OpenAlexaffabout
Gideon Mordecai, Kristina M. Miller, Emiliano Di Cicco, Angela D. Schulze, Karia H. Kaukinen, Tobi J. Ming, Shaorong Li, Amy Tabata, Amy K. Teffer, David A. Patterson, Hugh Ferguson, Curtis A. Suttle

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepeer-review
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueAnimal Virus Infections Studies
Établissements canadiensSimon Fraser UniversityFisheries and Oceans CanadaUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChinook windOncorhynchusBiologyPopulationEndangered speciesZoologyFisheryEcologyFish <Actinopterygii>Habitat

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Keystone species are animals and plants that play a pivotal role in supporting the ecosystems they live in, making their conservation a high priority. Chinook and sockeye salmon are two such species. These fish play a central role in the coastal ecosystems of the Northeast Pacific, where they have supported Indigenous populations for thousands of years. The last three decades have seen large declines in populations of Chinook and sockeye salmon. One factor that may be involved in these declines is viral infection. In the last ten years, advances in DNA sequencing technologies have led to the discovery of many new viruses, and Mordecai et al. used these technologies to look for new viruses in Pacific salmon. First, Mordecai et al. looked for viruses in dead and dying salmon from farms and discovered three previously unknown viruses. Next, they screened for these viruses in farmed salmon, hatchery salmon and wild salmon to determine their distribution. Two of the viruses were present in fish from the three sources, while one of the viruses was only found in farmed fish. The fact that the three viruses are distributed differently raises questions about how the viruses are transmitted within and between farmed, hatchery and wild salmon populations. These findings will aid salmon-conservation efforts by informing the extent to which these viruses are present in wild salmon populations. Future work will focus on determining the risks these viruses pose to salmon health and investigating the potential for exchange between hatchery, farmed and wild salmon populations. While farmed Pacific salmon may pose some transmission risk to their wild counterparts, they also offer the opportunity to study disease processes that are not readily observable in wild salmon. In turn, such data can be used to develop policies to minimize the impact of these infectious agents and improve the survival of wild salmon populations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,012
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,377
Score d'incertitude au seuil0,889

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,012
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0030,002
Science ouverte0,0010,003
Intégrité de la recherche0,0040,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,3770,179

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,061
Tête enseignante GPT0,314
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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