Molecular validation of clinical Pantoea isolates identified by MALDI-TOF
Notice bibliographique
Résumé
The Enterobacterial genus Pantoea contains both free-living and host-associating species, with considerable debate as to whether documented reports of human infections by members of this species group are accurate. MALDI-TOF-based identification methods are commonly used in clinical laboratories as a rapid means of identification, but its reliability for identification of Pantoea species is unclear. In this study, we carried out cpn60-based molecular typing of 54 clinical isolates that had been identified as Pantoea using MALDI-TOF and other clinical typing methods. We found that 24% had been misidentified, and were actually strains of Citrobacter, Enterobacter, Kosakonia, Klebsiella, Pseudocitrobacter, members of the newly described Erwinia gerundensis, and even several unclassified members of the Enterobacteriaceae. The 40 clinical strains that were confirmed to be Pantoea were identified as Pantoea agglomerans, Pantoea allii, Pantoea dispersa, Pantoea eucalypti, and Pantoea septica as well as the proposed species group, Pantoea latae. Some species groups considered largely environmental or plant-associated, such as P. allii and P. eucalypti were also among clinical specimens. Our results indicate that MALDI-TOF-based identification methods may misidentify strains of the Enterobacteriaceae as Pantoea.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».