Image‐Based Analysis of Protein Stability
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Short half-life proteins regulate many essential processes, including cell cycle, transcription, and apoptosis. However, few well-characterized protein-turnover pathways have been identified because traditional methods to measure protein half-life are time and labor intensive. To overcome this barrier, we developed a protein stability probe and high-content screening pipeline for novel regulators of short half-life proteins using automated image analysis. Our pilot probe consists of the short half-life protein c-MYC (MYC) fused to Venus fluorescent protein (MYC-Venus). This probe enables protein half-life to be scored as a function of fluorescence intensity and distribution. Rapid turnover prevents maximal fluorescence of the probe due to the relatively longer maturation time of the fluorescent protein. Cells expressing the MYC-Venus probe were analyzed using a pipeline in which automated confocal microscopy and image analyses were used to score MYC-Venus stability by two strategies: assaying the percentage of cells with Venus fluorescence above background, and phenotypic comparative analysis. To evaluate this high-content screening pipeline and our probe, a kinase inhibitor library was screened by confocal microscopy to identify known and novel kinases that regulate MYC stability. Compounds identified were shown to increase the half-life of both MYC-Venus and endogenous MYC, validating the probe and pipeline. Fusion of another short half-life protein, myeloid cell leukemia 1 (MCL1), with Venus also demonstrated an increase in percent Venus-positive cells after treatment with inhibitors known to stabilize MCL1. Together, the results validate the use of our automated microscopy and image analysis pipeline of stability probe-expressing cells to rapidly and quantitatively identify regulators of short half-life proteins. © 2019 The Authors. Cytometry Part A published by Wiley Periodicals, Inc. on behalf of International Society for Advancement of Cytometry.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle