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Enregistrement W2989673129 · doi:10.1186/s12920-019-0618-0

Return of genetic and genomic research findings: experience of a pediatric biorepository

2019· article· en· W2989673129 sur OpenAlexafffund
Tanya Papaz, Eriskay Liston, Laura Zahavich, Dimitri J. Stavropoulos, Rebekah Jobling, Raymond H. Kim, Miriam S. Reuter, Anastasia Miron, Erwin Oechslin, Tapas Mondal, Lynn Bergin, John Smythe, Luis Altamirano‐Diaz, Jane Lougheed, Roderick Yao, Oyediran Akinrinade, Jeroen Breckpot, Seema Mital

Notice bibliographique

RevueBMC Medical Genomics · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensKingston General HospitalLondon Health Sciences CentreMcMaster Children's HospitalUniversity of TorontoSickKids FoundationUniversity Health NetworkChildren's Hospital of Eastern OntarioTed Rogers Centre for Heart ResearchHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesHospital for Sick ChildrenHeart and Stroke Foundation of Canada
Mots-clésBiorepositoryGenetic counselingBiobankMedicineReferralGenetic testingFamily medicineHuman geneticsMedical geneticsBioinformaticsInternal medicineGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Assess process, uptake, validity and resource needs for return of actionable research findings to biobank participants. METHODS: Participants were prospectively enrolled in a multicenter biorepository of childhood onset heart disease. Clinically actionable research findings were reviewed by a Return of Research Results Committee (RRR) and returned to the physician or disclosed directly to the participant through a research genetic counselor. Action taken following receipt of this information was reviewed. RESULTS: Genetic data was generated in 1963 of 7408 participants. Fifty-nine new findings were presented to the RRR committee; 20 (34%) were deemed reportable. Twelve were returned to the physician, of which 7 were disclosed to participants (median time to disclosure, 192 days). Seven findings were returned to the research genetic counselor; all have been disclosed (median time to disclosure, 19 days). Twelve families (86%) opted for referral to clinical genetics after disclosure of findings; 7 results have been validated, 5 results are pending. Average cost of return and disclosure per reportable finding incurred by the research program was $750 when utilizing a research genetic counselor; clinical costs associated with return were not included. CONCLUSIONS: Return of actionable research findings was faster if disclosed directly to the participant by a research genetic counselor. There was a high acceptability amongst participants for receiving the findings, for referral to clinical genetics, and for clinical validation of research findings, with all referred cases being clinically confirmed.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,039
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,060
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,039
Score d'incertitude au seuil0,205

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0390,060
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0040,003
Communication savante0,0030,003
Science ouverte0,0030,006
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,273 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations36
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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