The transition from normal lung anatomy to Fibrosis in IPF
Notice bibliographique
Résumé
Rationale: This study explores the transition from normal lung anatomy to minimal and established fibrosis in IPF. Methods: Preoperative thoracic Multi Detector Computed Tomography (MDCT) scans of patients with severe IPF were used to identify regions of minimal and established fibrosis. The fibrosis statuses were registered on postoperative MDCT scans of one explanted lung specimen from the treatment of double lung transplantations. This registration made it possible to compare 42 samples of (6/lung × 7 lungs) of control lung tissues to 27 samples of minimal and 27 samples of established fibrosis samples using a combination of microCT, histology and next generation sequencing (RNAseq). Results: The transition from control lung anatomy to minimal fibrosis was associated with a sharp reduction of terminal bronchioles, increased visibility of the surviving small airways, the appearance of fibroblastic foci, increased infiltration of the tissue by CD4 and CD8 T cells, B cells and macrophages, which could form tertiary lymphoid organs. Further, the RNAseq analysis showed that the transition from normal to minimal fibrosis is associated with both the up-regulation of T cell costimulatory genes, such as IFNG, TIGIT, TLRs, and the down-regulation of the immune checkpoint genes, such as PDL1. Further, tissue repair genes, including FGF, TGFß, and PLAU, are also up-regulated during this transition. Conclusions: These results show the major histologic features of IPF that appear during the transition from normal anatomy to minimal fibrosis, whereas the further the transition from minimal to established fibrosis is dominated by the progressive deposition of dense fibrotic connective tissue.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».